찐 꽃게는 조리 후 2시간 이내에 냉장 또는 냉동 보관하는 것이 중요합니다. 실온에 오래 두면 식중독균 증식 위험이 커지므로, 완전히 식히기보다 넓은 용기에 나눠 담아 빠르게 열을 식힌 후 보관해야 합니다. 당일 또는 다음 날 섭취할 예정이라면 5℃ 이하에서 냉장 보관하고, 며칠 내 먹을 계획이 없다면 -18℃ 이하에서 냉동 보관하는 것이 권장됩니다. 냉장 보관 시에는 1~2일 이내, 냉동 보관 시에는 최대 1개월 이내에 섭취하는 것이 좋습니다.
찐 꽃게를 냉동 보관할 때는 수분 손실을 막는 것이 핵심입니다. 완전히 식힌 꽃게는 등딱지가 아래로, 배가 위로 향하도록 놓아 내장과 육즙이 흘러내리는 것을 방지합니다. 뾰족한 다리 끝부분을 다듬어 랩이 찢어지는 것을 막고, 1인분씩 랩으로 밀착 포장하여 냉동 야각 현상을 방지해야 합니다. 이후 지퍼백이나 밀폐 용기에 한 번 더 담아 2중 밀봉하면 냉동실 냄새가 다른 식재료에 배는 것을 막고 신선도를 오래 유지할 수 있습니다.
냉동 보관된 찐 꽃게는 냉동실 안쪽 깊숙한 곳에 두어 온도 변화를 최소화하는 것이 좋습니다. 해동 시에는 전자레인지나 맹물 해동을 피하고, 70℃ 이상에서 3분 이상 충분히 재가열하여 섭취해야 합니다. 생꽃게를 냉동할 경우 탕이나 찌개용으로 적합하며 해동 없이 바로 조리할 수 있습니다. 반면 쪄서 냉동한 꽃게는 다시 찜으로 먹을 때 편리하지만, 살이 다소 퍽퍽해질 수 있어 찜 요리에는 생꽃게를 얼렸다가 찌는 것이 맛이 더 좋습니다.