고등어는 신선도가 중요한 생선으로, 바로 섭취하지 않을 경우 냉장 또는 냉동 보관이 필수적입니다. 특히 냉장 보관 시에는 내장과 핏물을 제거하고 물기를 완전히 닦아 밀폐 용기에 담아두는 것이 중요하며, 가능한 한 빨리 섭취하는 것이 좋습니다. 장기 보관을 위해서는 냉동이 권장되는데, 이때 손질 방식과 포장 방법에 따라 신선도 유지 기간이 달라질 수 있습니다.
고등어를 냉동하기 전 세척 여부에 대해서는 의견이 나뉩니다. 일부에서는 내장과 아가미가 제거된 손질 고등어의 경우 굳이 세척하지 않고 물기만 제거하여 바로 냉동하는 것이 좋다고 조언합니다. 반면, 핏물이나 이물질이 보인다면 흐르는 물에 짧게 씻어 키친타월로 물기를 충분히 제거한 후 냉동하는 방식도 있습니다. 중요한 것은 물기를 최소화하여 냉동 중 건조되거나 비린내가 배는 것을 방지하는 것입니다.
냉동 고등어는 한 번 먹을 양만큼 랩으로 밀착 포장한 뒤 지퍼백이나 밀폐 용기에 넣어 공기를 최대한 제거하고 밀봉하는 것이 효과적입니다. 해동 시에는 냉장실에서 서서히 해동하거나, 급할 경우 밀봉 상태로 찬물에 담가 해동하는 것이 권장됩니다. 실온 해동은 신선도를 저하시킬 수 있으므로 피해야 하며, 해동 후에는 물기를 닦아내고 조리하는 것이 좋습니다.