쭈꾸미는 낚시 후 신선도 유지가 중요하며, 특히 가을철 쭈꾸미 낚시 시즌에는 잡은 즉시 차갑게 보관하는 것이 권장됩니다. 아이스박스에 얼음이나 아이스팩을 활용하여 저온을 유지하고, 녹은 물에 쭈꾸미가 장시간 잠기지 않도록 주의해야 합니다. 집에 도착하면 가능한 한 빨리 손질하는 것이 쭈꾸미의 식감과 풍미를 보존하는 핵심입니다.
블로거들은 쭈꾸미 손질 시 내장, 눈, 입을 제거한 후 밀가루나 굵은소금으로 세척하는 과정을 공통적으로 강조합니다. 이때 너무 세게 문지르면 살이 물러질 수 있으므로 적당한 강도로 세척하는 것이 중요하다고 언급합니다. 보관법에 있어서는 생물 손질 후 냉동하는 것을 추천하며, 특히 쭈꾸미볶음, 샤브샤브, 숙회 등 다양한 요리에 활용할 경우 생물 냉동이 편리하다는 의견이 많습니다.
냉동 보관 시에는 쭈꾸미 표면의 물기를 최대한 제거하고, 1회 먹을 양으로 소분하여 지퍼백이나 진공포장하는 것이 좋습니다. 공기를 최대한 빼서 납작하게 만들어 냉동하면 얼음 결정 생성을 줄이고 해동 시 식감이 물러지는 것을 방지할 수 있습니다. 급하게 해동할 경우 뜨거운 물 사용은 피하고, 냉장 보관은 빠른 시일 내 섭취할 경우에만 권장됩니다.