오미자 수확 시기는 일반적으로 8월 말부터 10월 초까지 이어지지만, 지역과 품종에 따라 최적기가 달라집니다. 조중생종은 개화 후 약 120일이 지난 9월 20일경이 적합하며, 중만생종은 125일에서 최대 140일까지 기다려 10월 20일경까지 수확이 진행되기도 합니다. 특히 문경 지역은 9월 중순부터 10월 초에 붉게 익은 송이만을 선별하여 수확하며, 전북 장수 지역의 조생 계통은 8월 말부터 빠르게 수확을 시작하는 특징을 보입니다.
오미자는 8월부터 익기 시작하지만, 9월 중순에 완전히 성숙하는 시기를 거쳐 9월부터 10월 상순까지가 공식적인 수확 범위로 제시됩니다. 생과를 구입할 때는 수확 시점을 확인하는 것이 중요하며, 건조품의 경우 수확 후 건조 조건까지 고려해야 합니다. 일부에서는 영양분 보존을 위해 예정보다 5~6일 앞당겨 수확하는 것을 권장하기도 하며, 생과는 수확 기간이 짧아 8월 말부터 미리 예약하는 것이 신선한 열매를 확보하는 데 유리합니다.
수확한 오미자는 빠른 건조나 가공이 부패와 변질을 막는 데 중요합니다. 바로 건조하기 어렵다면 열매의 열을 식히고 통풍이 잘 되며 비를 맞지 않는 곳에 보관해야 합니다. 오미자청을 담글 때는 세척 후 물기를 완전히 제거하고, 오미자와 설탕을 켜켜이 쌓아 100일 정도 숙성시키는 것이 일반적입니다. 숙성 후 건져낸 오미자 알맹이는 식초를 부어 천연 식초로 재활용할 수도 있어 활용도가 높습니다.