날계란은 껍질 표면의 큐티클층이 외부 세균 침투를 막아주는 보호막 역할을 하므로, 이 보호막이 손상되지 않도록 보관하는 것이 중요합니다. 특히 실온 보관은 세균 번식의 위험을 높여 권장되지 않으며, 냉장 보관 시 약 3~5주간 신선도를 유지할 수 있습니다. 계란의 신선도를 오래 유지하려면 냉장고 문 쪽보다는 온도 변화가 적은 안쪽 선반에 보관하는 것이 효과적입니다.
많은 사람이 익힌 계란이 날계란보다 오래 보관 가능하다고 생각하지만, 실제로는 반대입니다. 계란을 삶는 과정에서 큐티클층이 파괴되어 외부 세균 침투에 취약해지기 때문입니다. 반숙란은 2~3일, 완숙란은 껍질째 5~7일, 껍질을 벗긴 완숙란은 1~2일 이내에 섭취하는 것이 안전합니다. 반면, 고온에서 구워 수분이 적은 구운란은 실온에서 1~2개월까지 보관 가능하나, 개봉 후에는 냉장 보관이 필수입니다.
계란을 보관하기 전 껍질을 씻는 행위는 큐티클층을 손상시켜 살모넬라균 등 세균 침투를 유발할 수 있으므로 피해야 합니다. 이물질이 묻어 있다면 요리 직전에 씻는 것이 바람직합니다. 또한, 삶은 계란은 조리 후 즉시 찬물에 식혀 물기를 완전히 제거한 뒤 밀폐 용기에 담아 냉장 보관해야 냉장고 내 다른 음식 냄새가 배는 것을 방지하고 신선도를 유지할 수 있습니다.