고구마를 수확한 후에는 적절한 보관법이 품질 유지에 매우 중요합니다. 특히 껍질이 얇아 쉽게 상처가 나기 때문에, 수확 과정부터 세심한 주의가 필요합니다. 수확 시기는 보통 9월 하순부터 10월 중순 사이가 적절하며, 기온이 10℃ 이하로 떨어지기 전, 서리가 내리기 전에 캐는 것이 안전합니다. 흙이 질척한 날보다는 맑은 날 수확하여 겉흙을 가볍게 털어내는 것이 좋습니다.
수확된 고구마는 상처 난 부위에서부터 쉽게 부패할 수 있으므로, 큐어링 과정을 거치는 것이 효과적입니다. 큐어링은 수확 후 1주일 이내에 30~33℃의 온도와 90~95%의 습도 환경에서 4~5일간 보관하여 상처 부위에 보호막을 형성하는 과정입니다. 가정에서는 이러한 조건을 맞추기 어렵기 때문에, 상처 난 고구마는 따로 분류하여 먼저 섭취하고 건강한 고구마만 저장하는 것이 일반적입니다. 또한, 캔 고구마를 바로 물로 씻지 않고 밭에서 표면의 물기만 말리는 것이 중요합니다.
고구마를 보관할 때는 상처 난 것과 멀쩡한 것을 분리하고, 줄기와 잔뿌리는 너무 바짝 자르지 않는 것이 좋습니다. 보관 온도는 12~15℃가 이상적이며, 습도가 높은 곳은 피해야 합니다. 신문지 등으로 개별 포장하여 통풍이 잘되는 서늘한 곳에 두면 비교적 오랫동안 신선하게 보관할 수 있습니다. 냉장 보관은 고구마의 당도를 떨어뜨리고 쉽게 변질시킬 수 있으므로 피해야 합니다.