주택임대사업자 등록임대주택이 의무임대기간 만료로 자동말소된 후 양도소득세 처리에 대한 관심이 높아지고 있습니다. 특히 장기보유특별공제 적용 여부와 양도세 중과 배제 가능성은 많은 임대사업자들의 주요 관심사입니다. 2026년 8월 세제개편안 발표로 기존 기준에 중요한 변화가 생겼으며, 주택 유형과 양도 시기에 따라 혜택이 크게 달라지므로 면밀한 검토가 필요합니다.
자동말소된 임대주택을 양도할 때 장기보유특별공제 50% 특례는 임대기간 중 발생한 양도차익에 한해 적용되며, 70% 공제율은 10년 이상 연속 등록임대가 필수이므로 자동말소 주택에는 적용되지 않습니다. 또한, 자동말소 시 양도 시기 제한 없이 중과 배제가 원칙이지만, 자진말소의 경우 의무임대기간의 절반 이상을 채우고 말소일로부터 1년 이내 양도해야 중과 배제가 가능합니다. 특히 조정대상지역 내 매입임대 아파트는 2027년 12월 31일 이전 양도 시 중과 배제와 장기보유특별공제 50%가 유효하며, 이후에는 혜택이 축소되거나 폐지될 수 있습니다.
자동말소 후 거주주택 비과세 특례를 적용받기 위해서는 등록말소 후 5년 이내에 거주주택을 양도해야 하며, 2년 이상 실제 거주 요건을 충족해야 합니다. 임대료 5% 증액 제한은 임대 등록 후 최초 임대차계약 기준이며, 말소 후에는 5%를 초과해도 중과 배제는 유지됩니다. 따라서 임대사업자 등록 말소 후에도 세제 혜택을 온전히 누리기 위해서는 말소 유형, 양도하려는 주택의 종류, 취득 시점 및 조정대상지역 여부 등 다양한 요건을 사전에 꼼꼼히 확인하는 것이 중요합니다.
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