안깐 양파는 껍질이 있는 상태로, 통풍이 잘되고 서늘하며 건조한 실온에 보관하는 것이 가장 효과적입니다. 습기에 취약하여 쉽게 물러질 수 있으므로, 망에 담아 걸어두거나 바구니에 넓게 펼쳐두어 양파끼리 간격을 유지하는 것이 중요합니다. 비닐봉투에 밀봉하거나 감자와 함께 보관하는 것은 습기 발생 및 싹을 돋게 할 수 있어 피해야 합니다.
안깐 양파의 실온 보관 기간은 일반적으로 2~3개월까지 가능하지만, 여름철 고온다습한 환경에서는 3~5일 만에 물러질 수 있어 주의가 필요합니다. 깐 양파의 경우, 물에 닿지 않게 겉껍질만 벗긴 후 키친타월로 물기를 제거하고 알루미늄 호일로 개별 포장하여 지퍼백에 넣어 냉장 보관하면 약 2주간 신선도를 유지할 수 있습니다. 진공 용기를 활용하면 2~3개월까지도 보관 기간을 연장할 수 있습니다.
자른 양파는 용도에 맞게 소분하여 냉동 보관하는 것이 편리하며, 1~2개월까지 보관 가능합니다. 냉동 양파는 해동 시 아삭한 식감이 줄어들기 때문에 국, 찌개, 볶음 등 가열 요리에 활용하는 것이 적합합니다. 양파 보관 시에는 물기가 남지 않도록 관리하고, 상처 난 부분이 있다면 즉시 분리하여 다른 양파에 영향을 주지 않도록 해야 합니다.