마곡 서울식물원은 9호선과 공항철도가 만나는 마곡나루역과 연결된 서울의 대표적인 보타닉 공원입니다. 주말 방문객이 약 1만 7천 명에 달하지만, P1과 P2 주차장은 총 386면에 불과하여 대부분의 방문객이 대중교통을 이용하는 실정입니다. 특히 마곡나루역 3번 출구가 열린숲 방향으로 연결되어 전철 이용객이 많은 편입니다.
실제 방문객들은 서울식물원 주차장이 규모에 비해 협소하여 주말에는 오전 중 만차가 빈번하다고 지적합니다. 온실과 가까운 제1주차장은 특히 빠르게 마감되어, 오후 방문 시에는 주변 주차장을 미리 확인하는 것이 현명하다는 의견이 많습니다. 마곡 보타닉 게이트와 같이 식물원 정문에서 도보 1분 거리의 지식산업센터 주차장을 대안으로 활용하는 경우도 있습니다.
서울식물원 주차 요금은 5분당 150원으로 시간당 약 1,800원이며, 주변 보타닉 게이트 주차장과 동일합니다. 주말 만차 걱정 없이 이용할 수 있는 주변 지식산업센터 주차장은 이마트24, 스타벅스 등 편의시설을 함께 이용할 수 있어 편리합니다. 서울역, 홍대입구 등에서는 공항철도를 이용해 마곡나루역으로 이동하는 것이 주말 도로 정체와 주차 대기 시간을 피하는 합리적인 방법입니다.