김민석 의원은 2002년 대선을 앞두고 노무현 후보의 지지율 하락과 정권 재창출 불안감 속에서, 이회창 후보의 집권을 막기 위해 노무현-정몽준 단일화가 필요하다는 판단을 하였습니다. 당시 김민석 의원은 새천년민주당을 탈당하고 정몽준 후보의 국민통합21에 합류하며 단일화를 추진했습니다. 이러한 행보는 당시 민주당과 노무현 지지층에게는 정치적 배신으로 받아들여졌으며, 그의 정치 인생에서 가장 큰 논란이자 전환점이 되었습니다.
실제 블로그 후기들을 살펴보면, 김민석 의원의 2002년 탈당과 정몽준 후보 합류는 정치적 신뢰를 훼손한 사건으로 평가하는 시각과, 이회창 후보의 집권을 막기 위한 불가피한 정치적 결단이었다는 시각이 공존합니다. 특히 당시 김민석 의원이 단순한 주변 정치인이 아닌 김대중 전 대통령에게 발탁된 차세대 주자였기에, 그의 탈당은 민주당 내부의 사기를 흔들고 노무현 지지층에게는 '정치적 의리' 문제로 인식되었습니다.
김민석 의원은 2002년 단일화 파동 이후 18년간 야인 생활을 하며 하버드, 칭화대, 럿거스 로스쿨에서 학업을 마치고 미국 변호사 자격을 취득하는 등 재기를 준비했습니다. 그는 당시 단일화 추진에 대해 “누가 되든 이회창이 되는 것보다 낫다”고 판단했으며, 정몽준 후보의 지지율이 더 높았기에 정 후보로 단일화되어도 좋다고 생각했다고 밝힌 바 있습니다. 이러한 그의 과거 행적은 현재까지도 정치적 평가에 중요한 영향을 미치고 있습니다.